Από το 1904 πρωτεύουσα του νομού είναι ο Άγιος Νικόλαος. Βρίσκεται στο βορειοδυτικό άκρο του κόλπου Μιραμπέλου, εκεί που στην αρχαιότητα βρισκόταν το μικρό λιμάνι της Λατώ προς Καμάρα σύμφωνα με την Ιστορία της πόλης. Το θερμό κλίμα και ο πάντα ήσυχος κόλπος με την άφθονη βλάστηση κάνουν την πόλη ξεχωριστή. Πολλά είναι τα εστιατόρια και τα καφενεδάκια γύρο από το λιμάνι που δίνουν την δική τους νότα στον Άγιο Νικόλαο.

Χαρακτηριστικό της πόλης είναι η λίμνη Βουλισμένη όπου στην νοτιοδυτική της πλευρά υπάρχει ένας μικρός ζωολογικός κήπος. Ο μύθος λέει ότι στην λίμνη αυτή λουζόταν η θεά Αθηνά. Η δημιουργία της λίμνης οφείλεται σε κάποια ηφαιστειακή καθίζηση ενώ για άλλους είναι το στόμιο υπόγειου ποταμού. Παλιά πίστευαν ότι η λίμνη είναι απύθμενη ενώ σήμερα γνωρίζουμε ότι το βάθος είναι 64 μέτρα. Όμως και στο κέντρο η πόλη είναι όμορφη και γραφική, με την παραδοσιακή αρχιτεκτονική, τα στενά λιθόστρωτα δρομάκια και όλα τα στοιχεία που διατηρούνται στον χρόνο και κάνουν κάθε πόλη της Κρήτης ξεχωριστή.