Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ρεθύμνου στεγάζεται απο 1991 σε κτίριο που βρίσκεται μπροστά απο το φρούριο Φορτέτσα. Περιλαμβάνει σπουδαιότατα ευρήματα : Ειδώδια, κοσμήματα, εργαλεία, αιχμές δοράτων νεολιθικής εποχής από το σπήλαιο Γερανίου και το σπήλαιο Ελλένες Αμαρίου. Κεραμική υστερομινωικής εποχής από το Μασταμπά Ρεθύμνου και το νεκροταφείο στους Αρμένους. Σφραγιδόλιθους, κοσμήματα, λάρνακες, θεές σε λατρευτική στάση από διάφορες ανασκαμμένες περιοχές του νομού. Μικρή αιγυπτιακή συλλογή, ερυθρόμορφα αγγεία, ελληνιστικά και ρωμαικά αγάλματα. Επίσης σημαντική συλλογή νομισμάτων διαφόρων εποχών.