Στην αίθουσα Ι εκτίθενται πρωτομινωικά ευρήματα από την Μύρτο, ειδώλια και κεραμικά, πέτρινα αγγεία από την περιοχή Μόχλο.

Αίθουσα ΙΙ

Στην αίθουσα ΙΙ βρίσκονται προανακτορικά αγγεία από τον αρχαιολογικό χώρο της Ζάκρου.

Αίθουσα ΙΙΙ

Στην αίθουσα ΙΙΙ υπάρχουν ευρήματα από την υστερομινωική περίοδο από τις περιοχές Κριτσά και την Μυρσίνη της Σητείας

Αίθουσα ΙV

Στην αίθουσα ΙV εκθέτονται αγγεία και ειδώλια της πρωτογεωμετρικής περιόδου.

Αίθουσα V

Στην αίθουσα V εκτίθονται ειδώλια και αντικείμενα Ελληνικών και κλασικών χρόνων, κυρίως από την περιοχή της Ελούντας.

Αίθουσα VI

Στην αίθουσα VI βρίσκονται ειδώλια, ανάγλυφα, επιτύμβιες επιγραφές των Ελληνιστικών και ρωμαικών χρόνων.