Το Αρχαιολογικό Μουσείο Αγίου Νικολάου ιδρύθηκε το 1970 και στεγάζεται σε σύγχρονο κτίριο στην οδό Παλαιολόγου 68. Η συλλογή του μουσείου περιλαμβάνει τα νεότερα ευρήματα της ανατολικής κυρίως Κρήτης.