Το ανάκτορο της Κνωσού χωρίζεται σε διάφορα τμήματα, καθένα από τα οποία έχει και ξεχωριστή χρήση. Έτσι στην δυτική πλευρά του ανακτόρου βρίσκουμε συγκεντρωμένες τις αίθουσες των τελετών, των διοικητικών υπηρεσιών, τις δημόσιες αποθήκες καθώς επίσης και την αίθουσα του θρόνου. Στην ανατολική πλευρά του ανακτόρου βρισκόταν τα βασιλικά δωμάτια, τα δωμάτια της ακολουθίας κλπ. Στο βόρειο τμήμα των βασιλικών δωματίων ήταν τα δωμάτια των τεχνιτών που υπηρετούσαν τον βασιλιά. καθώς επίσης και οι βασιλικές αποθήκες. Παρακάτω ακολουθεί εξήγηση του ανακτόρου βάση του χάρτη Νο 1. (χάρτης Νο 2)

Το ανάκτορο της Κνωσού. Χάρτης Νο 1.  1. Δυτική Αυλή.
  2. Δυτική Πύλη. (Είσοδος)
  3. Διάδρομος Πομπής.
  4. Προπύλαια.
  5. Κλίμακα.
  6. Διάδρομος Αποθηκών.
  7. Αποθήκες.
  8. Ιερό.
  9. Αίθουσα Θρόνου.
10. Δεξαμενή Καθαρμών.
11. Υπαίθριο Θέατρο.
12. Βόρεια Είσοδος.
13. Κεντρική Αυλή.
14. Αποθήκες Πιθαριών.
15. Ανατολικός Προμαχώνας
16. Αίθουσα Διπλών Πελεκέων.
17. Διαμέρισμα Βασίλισσας.
18. Μέγα Κλιμακοστάσιο.
19. Μικρό Ιερό Διπλών Πελεκέων.
20. Νότια Είσοδος.
21. Διάδρομος Ζατρικίου.
22. Εργαστήρια.
23. Τελωνείο.
24. Τελωνείο.
25. Πλακόστρωτη Οδός.

    Η είσοδος στον χώρο του ανακτόρου γίνεται από την Δυτική Αυλή (1) που στην νοτιοανατολική γωνιά της βρίσκεται η Δυτική Είσοδος (2) που οδηγεί στον Διάδρομο Πομπής (3). Η ονομασία του διαδρόμου αυτού οφείλεται στην τοιχογραφία που υπήρχε και διακοσμούσε του τοίχους του και η οποία σήμερα βρίσκεται και εκτίθεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου όπως και τα πιο πολλά ευρήματα απο το ανάκτορο. Στην αριστερή πλευρά του διαδρόμου βρίσκονται τα Προπύλαια (4) του ανακτόρου. Ο Πέτρινος ΘρόνοςΕδώ βρίσκονται και τα περίφημα Διπλά Κέρατα, ιερό σύμβολο της μινωικής θρησκείας. Στην συνέχεια δύο σκάλες μας οδηγούν, η μία στον άνω όροφο και η άλλη στην Κεντρική Αυλή (13). Στο βορειοδυτικό τμήμα της αυλής βρίσκεται και η Αίθουσα του Θρόνου (9) που αποτελείται από τον προθάλαμο και τον κυρίως χώρο του θρόνου. Στον προθάλαμο βρίσκεται ενα ξύλινο αντίγραφο του θρόνου ενώ στον κυρίως χώρο βρίσκεται ο πέτρινος θρόνος. Απο τον προθάλαμο του θρόνου ξεκινάει μια άλλη σκάλα που οδηγεί στο άνω όροφο όπου και βρίσκονται οι αίθουσες τελετών και το ιερό με τους τρείς κίονες και τους πεσσούς. Στην νοτιοδυτική πλευρά της κεντρικής αυλής καταλήγει ο διάδρομος της πομπής. Σε αυτή την τοποθεσία βρέθηκε ο "Πρίγκιπας με τα κρίνα", τοιχογραφία που αναπαραστά νέο με λουλουδένιο στέμμα και φτερά παγονιού στο κεφάλι να σέρνει ιερό ζώο. Η πρωτότυπη τοιχογραφία βρίσκεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου ενώ ενα πιστό αντίγραφο της έχει τοποθετηθεί στην θέση που ανακαλύφθηκε. Στην δυτική πλευρά του ανακτόρου βρίσκονται οι 18 μακρόστενες Αποθήκες (7), κτισμένες κάθετα στον Διάδρομο Αποθηκών (6), στις οποίες βρέθηκαν γιγάντια πιθάρια στα οποία αποθηκεύονταν η σοδειά της χρονιάς. Στο ανατολικό τμήμα της κεντρική αυλής βρίσκεται το Μεγάλο Κλιμακοστάσιο (18) μέσο του οποίου οδηγούμαστε στα Η Είσοδος που Οδηγεί στο Διαμέρισμα της Βασίλισσαςβασιλικά διαμερίσματα. Πιο ανατολικά συναντάμε την αίθουσα των Διπλών Πελέκων (16). Στην συνέχεια ένας διάδρομος μας οδηγεί στο Διαμέρισμα της Βασίλισσας (17) όπου πάνω απο την πόρτα της εισόδου του βλέπουμε την τοιχογραφία (αντίγραφο) των δελφινιών. Στα βόρεια και ανατολικά του διαμερίσματος της βασίλισσας βρίσκονται οι βασικές αποθήκες καθώς επίσης και ο Διάδρομος του Ζατρικίου (21). Η ονομασία του διαδρόμου αυτού προέρχεται από το "Ζατρίκιον" ένα είδος σκακιού που βρέθηκε σε αυτό το μέρος και βρίσκεται κι αυτό στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου. Ένας άλλος διάδρομος παράλληλος με αυτόν του ζατρικίου ο Βόρειος Διάδρομος (23) όπως ονομάζεται οδηγεί έξω απο το ανάκτορο. Εκεί βρίσκεται το Τελωνείο (24) και πιο βορειοδυτικά η Δεξαμενή των Καθαρμών (10) και το Θέατρο (11). Απο το θέατρο ξεκινάει Πλακόστρωτος Δρόμος (25) που οδηγεί στο μικρό ανάκτορο. Νότια απο τις αποθήκες βρίσκουμε τα διάφορα Εργαστήρια (22).