Βυζαντινά, ενετικά και τούρκικα γλυπτά και επιγραφές. Τοιχογραφίες (ΙΓ-ΙΣΤ αιώνα). Φορητές εικόνες της Κρητικής αγιογραφικής σχολής (ΙΕ-ΙΗ αιώνα). Εκκλησιαστικά σκεύη και άμφια, ξυλόγλυπτα, νομίσματα, κοσμήματα και μικροτεχνήματα της βυζαντινής και της ενετικής περιόδου. Ο μοναδικός στην Κρήτη πίνακας του Δομήνικου Θεοτοκόπουλου (Άποψη του Όρους και της Μονής Σινά, 1570 περίπου)

Συλλογή των Αγώνων για την Ελευθερία

Κειμήλια των κρητικών επαναστάσεων του ΙΘ αιώνα και της Κρητικής Πολιτείας (1898-1913). Σημαίες, όπλα και προσωπογραφίες αγωνιστών.

Λαογραφική Συλλογή

Εκατοντάδες αντιπροσωπευτικά δείγματα της κρητικής λαϊκής τέχνης (υφαντά, κεντήματα, δαντέλες, ενδυμασίες, κοσμήματα, μικροτεχνήματα, μουσικά όργανα κλπ.). Αναπαράσταση εσωτερικού ενός παλιού κρητικού χωριάτικου σπιτιού.

Αίθουσα Νίκου Καζαντζάκη

Το γραφείο, η βιβλιοθήκη, προσωπικά ενθύμια και χειρόγραφα πολλών έργων του μεγάλου συγγραφέα.

Αίθουσα Εμμανουήλ Τσουδερού

Το γραφείο, η βιβλιοθήκη και τα προσωπικά ενθύμια του Πρωθυπουργού της Μάχης της Κρήτης. Χαλκογραφίες, χάρτες, σπάνιες εκδόσεις και μια συλλογή κρητικών γραμματοσήμων.