1. Δυτική Αυλή
  2. Πομπική Οδός
  3. Πρόπυλο Παλαιού Ανακτόρου
  4. Θέατρο
  5. Ιερό
  6. Κλίμακα Νέου Ανακτόρου
  7. Δυτικό Πρόπυλο
  8. Αποθήκες
  9. Διάδρομος
10. Δεξαμενή Καθαρμών
11. Δωμάτια Ιερών
12. Ναός Ρέας
13. Κεντρική Αυλή
14. Δεξαμενή Καθαρμών
15. Ανατολική Στοά
16. Είσοδος Βόρειας Πτέρυγας
17. Βόρεια Αυλή
18. Ανατολική Αυλή
19. Εργαστήρια
20. Αίθουσα Βασίλισσας
21. Μέγαρο Βασιλιά
22. Θέση που βρέθηκε ο Δίσκος
       της Φαιστού
23. Εργαστήριο Αγγειοπλαστικής

Το ανάκτορο αναπτύσσεται γύρω από μια αυλή που ονομάζεται Κεντρική Αυλή (13). Η είσοδος στον αρχαιολογικό χώρο γίνεται από την βορειοδυτική πλευρά όπου υπάρχει η Δυτική Αυλή (1). Στην συνέχεια συναντάμε την Πομπική Οδό (2) η οποία διασχίζει λοξά το ανάκτορο και καταλήγει στο Πρόπυλο του Παλαιού Ανακτόρου (3). Βορειανατολικά της δυτικής αυλής βρίσκουμε το Ιερό (5) που αποτελείται από τέσσερα δωμάτια με θρανία. Πίσω απο ιερό βρίσκεται η Κλίμακα των Προπυλαίων του Νέου Ανακτόρου (6). Στα νότια και ανατολικά των προπυλαίων μια μικρή σκάλα οδηγεί στις Αποθήκες (8). Δίπλα απο τις αποθήκες βρίσκεται το δωμάτιο της Δεξαμενής των Καθαρμών του Παλιού Ανακτόρου (10). Στην συνέχεια ένας διάδρομος συνδέει τη δυτική αυλή με την κεντρική αυλή. Το τμήμα που βρίσκεται στη μέση της δυτικής πλευράς της κεντρικής αυλής αποτελείται από μικρά Δωμάτια Ιερών (11) και αυτό είναι γνωστό λόγω των αντικειμένων λατρείας που βρέθηκαν μέσα σ' αυτά. Στη νοτιοδυτική ακτή του ανακτόρου και έξω απο αυτό βρίσκεται ο αρχαϊκός Ναός της Ρέας (12). Από την ανατολική πλευρά της κεντρικής αυλής βρίσκουμε την ανατολική πτέρυγα των ανακτόρων. Από τη βόρεια πλευρά της ξεκινάει ένας μικρός διάδρομος ο οποίος χωρίζει την ανατολική με τη βορεινή πτέρυγα. Στη νότια πλευρά του διαδρόμου υπάρχουν τέσσερα δωμάτια από τα οποία το πρώτο είναι πολύθυρο, το δεύτερο χρησιμεύει σαν φωταγωγός, το τρίτο είναι προθάλαμος και το τέταρτο είναι Δεξαμενή Καθαρμών (14) Στο σημείο αυτό έχουν βρεθεί σημαντικά αντικείμενα όπως λίθινα κέρατα, διπλοί πελέκεις κ.α. Ανατολικά αυτών των δωματίων βρίσκουμε μια Στοά () σε σχήμα ορθής γωνίας. Από τη μέση της βόρειας πλευράς της κεντρικής αυλής γίνεται η είσοδος για τη Βόρεια Πτέρυγα (16) των ανακτόρων όπου βρίσκονται τα βασιλικά διαμερίσματα. Εδώ υπάρχει ένας πλακόστρωτος υπαίθριος διάδρομος που οδηγεί στην Βόρεια Αυλή (17) Δεξιά κι αριστερά του διαδρόμου υπάρχουν μικρά δωμάτια, ενώ ένας άλλος διάδρομος στα ανατολικά της βόρειας αυλής καταλήγει στην Ανατολική Αυλή (18). Από τη βόρεια αυλή υπάρχει ένας διάδρομος που οδηγεί βόρεια προς στα βασιλικά δωμάτια. Στα αριστερά αυτού του διαδρόμου υπάρχει η Αίθουσα της Βασίλισσας (20). Στην βόρεια πλευρά της αίθουσας της βασίλισσας βρίσκεται το Μέγαρο του Βασιλιά (21) το οποίο ήταν πλακόστρωτο με κόκκινους αρμούς, όπως και της βασίλισσας, και υπήρχαν πλούσιες τοιχογραφίες. Το βορειανατολικό κομμάτι του ανακτόρου είναι ανεξάρτητο και ανήκει στην παλαιοανακτορική εποχή. Σε ένα από τα δωμάτια του βρέθηκε ο Δίσκος της Φαιστού (22) με ιερογλυφική γραφή τυπωμένη κυκλικά και από τις δύο πλευρές του. Το μοναδικό αυτό εύρημα φυλάσσεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου.