Αίθουσα ΙΙ
Παλαιοανακτορική περίοδος (1900 - 1700 π.Χ) : Ευρήματα απο τα ανάκτορα της Κνωσού και των Μαλίων, καθώς και αναθήματα και λατρευτικά αντικείμενα από ιερά κορυφής.

Αίθουσα ΙΙΙ
Παλαιοανακτορική περίοδος (1900 - 1700 π.Χ) : Ευρήματα από το ανάκτορο της Φαιστού, αγγεία καμαραϊκού ρυθμού, πήλινα σφραγίσματα, ο δίσκος της Φαιστού, λατρευτικά αντικείμενα.

Αίθουσα ΙV
Νεοανακτορική περίοδος (1700 - 1450 π.Χ) : Ευρήματα απο τα ανάκτορα τησ Κνωσού της Φαιστού και των Μαλίων.

Αίθουσα V
Ύστερη ανακτορική περίοδος (1450 - 1400 π.Χ) : Ευρήματα απο την περιοχή της Κνωσού, πήλινες πινακίδες της Γραμμικής Α και Β γραφής, κεραμική "ανακτορικού" ρυθμού και ρυθμού "χλωρίδας".

Αίθουσα VI
Ευρήματα απο νεοανακτορικά και μετανακτορικά νεκτροταφεία της Κνωσού και της Φαιστού (1450 - 1300 π.Χ).

Αίθουσα VII
Νεοανακτορική περίοδος (1700 - 1450 π.Χ) : Ευρήματα απο μέγαρα, επαύλεις και σπήλαια της κεντρικής Κρήτης.

Αίθουσα VIII
Ευρήματα απο το ανάκτορο της Ζάκρου (1700 - 1450 π.Χ)

Αίθουσα IX
Ευρήματα απο νεοανακτορικούς οικισμούς της ανατολικής Κρήτης (1700 - 1450 π.Χ)

Αίθουσα X
Μετανακτορική περίοδος (1400 - 1150 π.Χ) : Ευρήματα απο την Κνωσό, τη Φαιστό, τη Γόρτυνα, τη Σητεία κ.α

Αίθουσα XI
Υπομινωική και πρώιμη γεωμετρική περίοδος (1150 - 800 π.Χ) : Ευρήματα από διάφορες θέσεις της Κρήτης και από τα νεκροταφεία του Πρινιά, τους τάφους της Φορτέτσας Κνωσού, το σπήλαιο της θεάς Ειλειθυίας στην Ίνατο κ.α

Αίθουσα XII
Γεωμετρική και ανατολίζουσα περίοδος (800 - 650 π.Χ) : Ευρήματα από το ιερό της Σύμης Βιάννου και από τους τάφους στην Κνωσό, στους Αρκάδες, στη Φορτέτσα κ.α

Αίθουσα XIII (Προθάλαμος)
Εκτίθεται συλλογή από πήλινες γραπτές σαρκοφάγους των μετανακτορικών χρόνων (1400 -1150 π.Χ)

Αίθουσες XIV - XVI
Έκθεση μινωικών τοιχογραφιών (1600 - 1400 π.Χ) από το ανάκτορο της Κνωσού, τις επαύλεις της Αγίας Τριάδας, της Αμνύσου κ.α

Αίθουσα XVII
Εκθέματα της Συλλογής Γιαμαλάκη που χρονολογούνται από τα νεολιθικά χρόνια έως τη βενετοκρατία.

Αίθουσα XVIII
Ελληνική και ρωμαϊκή πλαστική, κεραμική και μικροτεχνία (7ος αι. π.Χ - 4ος αι. π.Χ) από το Γόρτυνα, την Πραισό κ.α

Αίθουσα XIX
Συλλογή γλυπτών της αρχαϊκής εποχής (7ος - 6ος αι. π.Χ). Έργα της πρώιμης "δαιδαλικής" πλαστικής και μεταλλοτεχνίας αρχαϊκών χρόνων.

Αίθουσα XX
Γλυπτά της κλασικής, της ελληνιστικής και της ρωμαϊκής εποχής από τη Γόρτυνα, την Κνωσό, (5ος αι.π.Χ - 4ος αι. μ.Χ)