Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου είναι απο τα πιο σημαντικά και αξιόλογα μουσεία στην Ελλάδα. Το μουσείο αυτό είναι δημιουργία του Ιωσήφ Χατζηδάκη και του Στέφανου Ξανθουδίδη, που υπήρξαν οι πρώτοι διευθυντές του και έβαλαν τα θεμέλια της αρχαιολογικής υπηρεσίας στην Κρήτη. Το σημερινό μουσείο οικοδομήθηκε στα χρόνια 1937-1940, ενώ στην ίδια θέση, κατά την βενετοκρατία, υπήρχε η μεγαλοπρεπής καθολική μονή του Αγίου Φραγκίσκου που καταστράφηκε το 1856 από σεισμό. Αποτελείται απο 20 αίθουσες στις οποίες υπάρχουν εκθέματα που προέρχονται αποκλειστικά απο την Κρήτη. Τα εκθέματα αυτά είναι κυρίως απο την κεντρική και ανατολική Κρήτη και καλύπτουν ιστορία 5500 χρόνων. (απο την Νεολιθική μέχρι την Ρωμαϊκή εποχή). Ο τρόπος παρουσίασης των εκθεμάτων βασίζεται στη χρονολογική εξέλιξη του μινωικού πολιτισμού. Στο μουσείο επίσης υπάρχουν εργαστήρια, σχεδιαστήριο, βιβλιοθήκη, γραφεία και ενα σπουδαίο τμήμα, την Επιστημονική Συλλογή, όπου φυλάσονται και μελετούνται πολλά από τα ευρήματα.