Η αρχαία Κυδωνία είναι το μέρος πάνω στο οποίο έχει κτιστεί η πόλη των Χανίων. Σύμφωνα με το μύθο η πόλη κτίστηκε από τον Κύδων, που ήταν εγγονός του Μίνωα ή γιος του Ερμή και προστάτης των οδοιπόρων, από τον οποίο κληρονόμησαν οι κάτοικοι την παροιμιώδη φιλοξενία τους.

Αρχαιολογικές έρευνες επέδειξαν την ύπαρξη μινωικού οικισμού. Στα μεταμινωϊκά χρόνια στην ίδια θέση αναπτύχθηκε μια ισχυρή και εμπορική πόλη, η Κυδωνία. Η Κυδωνία υπήρξε ανταγωνίστρια δύο άλλων μεγάλων μινωικών πόλεων, της Κνωσού και της Γόρτυνας. Το 69 π.Χ. κατακτήθηκε από τους Ρωμαίους έως το 325 π.Χ. που πέρασε στα χέρια των Βυζαντινών. Στα Βυζαντινά χρόνια η πόλη έπεσε σε παρακμή, όπως και οι περισσότερες πόλεις της Κρήτης.

Το 823 την κατέλαβαν οι Άραβες, οι οποίοι και την ονόμασαν Χανιά. Η πόλη ξαναβρήκε την ακμή επί Ενετών, οι οποίοι το 1252 έχτισαν πάνω στο λόφο Καστέλι (παλιό λιμάνι) μια πόλη που την ονόμασαν "La Canea". Το 1300 περίπου κτίζεται στην πόλη το πρώτο αμυντικό τείχος, ενώ αργότερα τον 16 αιώνα ενισχύεται και επεκτείνεται περιλαμβάνοντας τις νέες συνοικίες της πόλης που συνεχώς μεγάλωνε.

Το λιμάνι προστατεύτηκε μ' ένα ισχυρό κυματοθραύστη και μόλο. Παρ' όλα αυτά το λιμάνι δεν απόκτησε ποτέ την σπουδαιότητα που αναμενόταν, γιατί ήταν άβαθο και το έπιαναν οι βοριάδες. Η πόλη όμως που όλο και μεγάλωνε γνώρισε μεγάλη εμπορική και οικονομική ακμή, δικαιώνοντας το όνομα που της είχαν δώσει εκείνη την περίοδο σαν "Βενετία της Ανατολής". Τα νέα τείχη όμως δεν στάθηκαν ικανά να σταματήσουν τους Τούρκους που το 1645 καταλαμβάνουν τα Χανιά έπειτα από 55 μέρες πολιορκία. Απομεινάρια της Τούρκικης κυριαρχίας είναι τα τζαμιά με τους μιναρέδες, τα τούρκικα λουτρά κ.λ.π.

Το 1850 τα Χανιά ανακηρύσσονται πρωτεύουσα της Κρήτης και την θέση αυτή την κρατούν καθ' όλη την διάρκεια της αυτονομίας (1898-1913) αλλά και μετά την ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα, έως το 1972. Κατά την περίοδο αυτή (1850-1912) και ιδιαίτερα κατά την περίοδο της αυτονομίας τα Χανιά γνωρίζουν μεγάλη ακμή και αυτό φαίνεται από το ότι οι πρεσβείες των Μεγάλων Δυνάμεων, ο ύπατος αρμοστής και η κυβέρνηση της αυτόνομης Κρήτης είχαν την έδρα τους στα Χανιά.