Πρώτη Ενότητα

Στην πρώτη ενότητα εκτίθενται ευρήματα από την ανασκαφή του σπηλαίου της Πλατυβόλας στην περιοχή Σκουραχλάδα Κεραμειών. Ανάμεσα στα πρώιμα ευρήματα ξεχωρίζουν ορισμένα για τις εξωκρητικές επιδράσεις (Ελλαδικές ή κυκλαδίτικες). Αξιόλογο εύρημα είναι το άνω τμήμα ψευδόστομου αμφορέα με γραπτή επιγραφή στη μυκηναϊκή Γραμμική Β γραφή (πρώτη Ελληνική γραφή). Σε γενικά πλαίσια εκτίθενται ευρήματα της ύστερης νεολιθικής εποχής και της χαλκοκρατίας (μινωικοί χρόνοι).

Δεύτερη Ενότητα

Στην δεύτερη ενότητα υπάρχουν εκθέματα από την αρχαϊκή περίοδο (7ος - 6ος αι.π.Χ). Σπουδαίο ενδιαφέρον έχουν τα ψηφιδωτά δάπεδα που προέρχονται από την πόλη των Χανίων. Σε γενικότερα πλαίσια μέχρι το βάθος της αίθουσας, εκτίθενται αρχαιότητες της εποχής του σιδήρου (ιστορικοί χρόνοι).