Το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων στεγάζεται στο καθολικό της ενετικής μονής του Αγίου Φραγκίσκου, στην παλιά πόλη των Χανίων. Ως Αρχαιολογικό Μουσείο άρχισε να λειτουργεί το 1963, ενώ γνώρισε πολλές και διαφορετικές χρήσεις και δέχτηκε ανάλογες επεμβάσεις. Έχει χρησιμοποιηθεί σαν μουσουλμανικό τέμενος του Γιουσούφ Πασά, σαν κινηματογράφος και σαν αποθήκη στρατιωτικών ειδών. Τα εκθέματα του δίνουν μια διαχρονική εικόνα του νομού Χανίων από την νεολιθική εποχή ως τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας.